Consta que o início da devoção à Nossa Senhora dos Navegantes originou-se na Idade Média por ocasião das Cruzadas, quando os cristãos invocavam a proteção de Maria Santíssima. Sob o título de "Estrela do Mar", rogavam sua proteção os cruzados que faziam a travessia pelo Mar Mediterrâneo em direção à Palestina. É a padroeira não só dos navegantes, mas também de todos os viajantes. Tal tradição foi mantida entre os marítimos e foi difundida pelos navegadores portugueses e espanhóis, disseminando-se entre os pescadores litorâneos principalmente nas terras colonizadas pela Espanha e Portugal. As conseqüências foram a multiplicação de capelas, igrejas e santuários nas regiões pesqueiras, particularmente no Sul do Brasil, onde a concentração de cidades que a veneram como padroeira é significativamente expressiva.
Primitivamente a localidade de Navegantes, assim como toda a Itajaí, era habitada por índios carijós. Em 1795, José Ferreira de Mendonça, piloto demarcador da Real Fazenda, veio, por ordem do Conde de Resende, Vice-Rei do Estado, demarcar uma sesmaria na praia de Itajaí.
A Comunidade de Navegantes, canonicamente, pertencia à Paróquia do Santíssimo Sacramento de Itajaí . Atendendo a uma solicitação do Pe. Antonio Eising, Vigário Interino da Paróquia de Itajaí, a "Câmara Episcopal de Curitiba" concedia, a 23 de janeiro de 1896, "licença para que no lado esquerdo do Rio grande de Itajaí se possa erigir uma capela sob a invocação de Nª Sª dos Navegantes, de S. Sebastião e de S. Amaro". A referida Capela ficou pronta em 1907 sendo sua inauguração comemorada com três dias de festas: 7, 8 e 9 de setembro.
Até o ano de 1912, Navegantes, um bairro de Itajaí, não tinha denominação, era conhecido apenas como "outro lado". A partir daí começou-se a discutir a necessidade de dar-lhe um nome. Diversas sugestões apareceram, até que, em 17 de dezembro de 1912, o Conselho Municipal deu-lhe o nome de Navegantes, tendo em vista o arraial ser habitado, em sua maioria, por navegadores e já ter como Padroeira Nossa Senhora dos Navegantes.
Em 1961, ao assumir a Prefeitura Municipal de Itajaí o Sr. Eduardo Solon Cabral Canziani, pela Lei nº 369, de 28 de fevereiro, desapropria uma área de terras, em Navegantes, para nela ser construído o novo aeroporto da Cidade, que hoje lá está, atendendo a todo o Vale do Itajaí.
Em 2 de fevereiro de 1962, por Decreto da Cúria Metropolitana, assinado por Dom Joaquim Domingues de Oliveira, era criada a Paróquia de Nossa Senhora dos Navegantes. Seu primeiro Vigário, Pe. Gilberto Luís Gonzaga, foi nomeado por Provisão de 8 de maio, sendo que a solene instalação da Paróquia e posse do primeiro Pároco aconteceram somente a 26 de agosto daquele ano.
Em 14 de maio de 1962, a Resolução nº 2 da Câmara Municipal de Itajaí autoriza o desmembramento da localidade de Navegantes. A Lei Estadual Nº 828, de 30 de maio de 1962, eleva Navegantes à categoria de Município.
Em 1987, a 19 de julho, fazendo parte dos festejos comemorativos dos 25 anos de criação da Paróquia, em cerimônia coordenada pelo então Pároco, Pe. Hélio da Cunha, presidida por Dom Murilo Sebastião Ramos Krieger, Bispo Auxiliar da Arquidiocese de Florianópolis, do Pároco, e concelebrada por diversos Sacerdotes, foi, solenemente, feita a dedicação do Altar e da Igreja Matriz.
Anualmente, a 2 de fevereiro, celebra-se a festa da Padroeira, Nossa Senhora dos Navegantes, com uma grandiosa procissão fluvial, para a qual afluem fiéis desta e de Paróquias vizinhas.
Um Decreto da Cúria Metropolitana de Florianópolis, datado de 23 de julho de 1996, com vigência a partir de 18 de agosto de 1996, cria na igreja matriz de Nossa Senhora dos Navegantes o Santuário Arquidiocesano sob a invocação de Santuário de Nossa Senhora dos Navegantes. A solene instalação e possse do primeiro Reitor deu-se às 18 horas do dia 18 de agosto do mesmo ano, sendo presidida pelo Sr. Arcebispo Metropolitano.
Oração à Nossa Senhora dos Navegantes
Ó Nossa Senhora dos Navegantes, Santíssima Filha de Deus, criador do céu, da terra, dos rios, lagos e mares; protegei-me em todas as minhas viagens.
Que ventos, tempestades, borrascas, raios e ressacas não pertubem a minha embarcação e que nenhuma criatura nem incidentes imprevistos causem alteração e atraso na minha viagem ou me desviem da rota traçada.
Virgem Maria, Senhora dos Navegantes, minha vida é a travessia de um mar furioso. As tentações, os fracassos e as desilusões são ondas impetuosas que ameaçam afundar minha frágil embarcação no abismo do desânimo e do desespero.
Nossa Senhora dos Navegantes, nas horas de perigo eu penso em vós e o medo desaparece; o ânimo e a disposição de lutar e de vencer torna a me fortalecer. Com a vossa proteção e a bênção de vosso Filho, a embarcação da minha vida há de ancorar segura e tranqüila no porto da eternidade. Nossa Senhora dos Navegantes, rogai por nós.